Осторожно спойлер:
Посередине сюжета кинофильма «На задней парте» разыскиваются два подростка, Жанна и Игорь, которые учатся в одной школе. Сначала Жанна находит оставленный ежедневник в старом шкафу класса, который принадлежал ученику, исчезнувшему много лет назад. Этот ежедневник содержит таинственные записи и намёки на мистические события, происходившие в школе. Заинтересовавшись, герои решают разгадать тайну, что приводит их на путь раскрытия скрытой истории своей школы.
В ходе расследования Жанна и Игорь сталкиваются с разнообразными преградами: одноклассники начинают подозревать их в странных действиях, а преподаватели стараются отвлечь их от дальнейших поисков. Кроме того, они находят спонтанные улики, которые указывают на то, что исчезновение ученика связано с темными событиями в прошлом школы. Каждый новый шаг приближает их к правде, но и порождает всё больше вопросов о том, кому можно доверять. Сегодня они на шаге от разгадки, но на их пути возникают неожиданные противники.
Параллельно с расследованием развиваются отношения между Мариной и Игорем. Они открывают друг другу свои чувства и мечты, что добавляет личной трагедии к общей картине. Постепенно они понимают, что разгадка сокровенной тайны может изменить их жизни и отношения с окружающими. Вскоре становится ясно, что для раскрытия сокровенной тайны необходимо продолжать поиски, и каждое новое открытие приводит к всё более серьезным последствиям.